Вопрос о необходимости открытия в Омске музыкального учебного заведения для получения профессионального образования поднимался неоднократно с 1918 года, но тяжелая экономическая и политическая обстановка в стране отодвинула дату его открытия на несколько лет. 9 января 1920 г. Отдел народного образования при Омском Губревкоме принял постановление «Об открытии в Омске Первой Омской Советской музыкальной школы и о порядке приема в нее учащихся». 25 января состоялось торжественное открытие первого профессионального учебного заведения в Омске – Омской единой музыкальной школы трех ступеней на базе «музыкальных классов» Омского музыкального и филармонического обществ.
18 июня 1921 года эта школа была реорганизована в музыкально-педагогический техникум, который стал учебным заведением повышенного типа, чем-то средним между музыкальной школой и консерваторией. В первые годы работы в техникуме было выделено 5 отделений: фортепианное, вокальное, теоретическое, струнных инструментов, духовых инструментов, был создан симфонический оркестр, струнный квартет, шли постановки оперного класса, заработала библиотека. В 1935-1939 годах техникум был преобразован в музыкальное училище, в котором открылись новые отделения: народных инструментов, первый баянный оркестр, дирижерско-хоровое отделение и любительская хоровая капелла.
В годы Великой Отечественной войны в училище была организована военно-шефская работа: создавались концертные бригады для обслуживания воинских частей, госпиталей, заводов, организаций сельских тружеников. В годы войны было проведено около 1000 концертов. Помимо концертной деятельности ученики и педагоги работали в кружках самодеятельности при заводах и колхозах, а также на сельскохозяйственных работах и в слесарных мастерских.
В трудные послевоенные годы в училище преподавали педагоги из Москвы, Ленинграда, Киева, Минска, Одессы. Осенью 1947 года в обучение ввелись предметы общеобразовательного цикла. С 1950-х годов в училище существовал Музыкальный лекторий для школьников, осуществлялись оперные постановки. В 1958 году была введена специализация «Клубное дело», а в 1978 году было открыто театральное отделение.
27 июля 1963 года училище стало носить имя первого своего выпускника – композитора и педагога, народного артиста СССР, доктора искусствоведения, лауреата Государственной премии, ректора Московской консерватории Виссариона Яковлевича Шебалина. В 1964 году училище переехало в новое здание по адресу проспект К. Маркса, 4-а.
За время существования Омского музыкального училища им. В. Я. Шебалина выпускниками стали более 300000 человек. Среди них 5 лауреатов Государственной премии, 9 народных артистов и 31 заслуженный артист. Выпускники музыкального училища составляют основу симфонического и духового оркестров Омской филармонии, работают в театрах Омска и других российских городов.
Среди выпускников училища те, чьи имена являются гордостью музыкальной культуры России и хорошо известны за рубежом: композиторы В. Я. Шебалин, В. Бунин, В. Успенский, И. Хейфец, «сибирский соловей» Д. Я. Пантофель-Нечецкая, скрипач Ю. И. Янкелевич, основатель Омского русского народного хора Е. В. Калугина, хормейстер Омского русского народного хора И. Т. Иванова, аккордеонист Г. Савков (Литва), лауреат Международного конкурса «Кубок мира», проходящего в Великобритании баянист Ю. А. Вострелов, домрист А. А. Цыганков, пианист В. Поляков, дирижер Венской оперы К. Г. Петренко, вокалистка Э. Гвазава и многие другие.
Готовясь отметить 100-летний юбилей с момента открытия, училище ведет активную концертную работу, продолжает готовить квалифицированных специалистов и прививать своим воспитанникам беззаветную любовь к музыке.