В первые годы своего существования Омская крепость была населена преимущественно военными людьми. Умеющих писать и считать среди них было не так много. Самой распространенной формой образования было обучение элементарной грамоте у частных лиц. Грамоте обучались вполне взрослые люди.
Со временем, когда солдаты, драгуны и казаки, составляющие население крепости, обзавелись семьями, пришлось задуматься над тем, где учить детей. Выход нашли, отправляя детвору на учебу в Тобольскую гарнизонную школу. Обучение детей с 7 до 15 лет в такой школе было обязательным и приравнивалось к государственной службе. Однако, дети надолго отрывались от дома и семьи, поэтому были приложены все усилия, чтобы ускорить открытие учебных классов в самой крепости.
Большое значение просвещению придавал командир войск Сибирского корпуса, основатель второй Омской крепости генерал-поручик И.И. Шпрингер. Будучи сам хорошо образованным человеком, хотел, чтобы в армии служили грамотные молодые люди. Понимал, насколько это важно для развития города, для будущего России. В феврале 1765 года он написал в Государственную военную коллегию письмо, в котором просил разрешения открыть гарнизонные школы для детей в крепостях Иртышской пограничной линии. Просьбу удовлетворили. Были открыты четыре небольшие школы в Ямышевске, Бийске, Петропавловске на 100 человек каждая, в Омске – главная школа на 150 человек.
Гарнизонные школы предназначались для детей солдат и казаков. Желающих отдать туда своих детей было так много, что в 1777 году командир линейных войск А. Скалон приказал «всех казачьих детей из школ выключить, да и впредь во оные не определять», поскольку возникла большая конкуренция со стороны солдатских сыновей. Позднее эта несправедливость в отношении казаков была устранена. Генерал-лейтенант Г.Э. Штрандман в 1797 году даже ходатайствовал перед императором Павлом I о расширении приема в гарнизонные школы, чтобы можно было определить в них всех казачьих детей (предложение не прошло). Уже к 1767 году линейные гарнизонные школы имели почти полный штат учеников – в них обучалось 227 драгунских и солдатских сыновей и 176 детей казаков.
Омская гарнизонная школа открылась в 1765 году. Ее начальником назначили атамана казаков Иртышской линии Федора Анциферова. Должность атамана крепостных (линейных) казаков была введена в 1760 году, и Анциферова, служившего до того сотником в Железинской крепости, выбрали первым атаманом. О нем сообщалось, что он «грамоте читать и писать достаточно умеет и состояния доброго». В школе обучались дети военнослужащих Ревельского, Сибирского, Троицкого и Вологодского полков. Омская главная гарнизонная школа подходила к типу общеобразовательных школ, где, кроме «Воинского артикула» и «солдатской экзерциции», детей обучали чтению, письму, часослову, псалтырю, арифметике и геометрии, «барабанщичьей науке» и игре на флейте. Учителями были местные офицеры, священнослужители, ссыльные. Так, рисование и малярное дело преподавал колодник Птицын. Кстати, этот пример показывает, что на практике круг преподаваемых предметов мог выходить за рамки школьной программы. В методике обучения не существовало классно-урочной системы. Выпускали из школы по мере усвоения круга преподаваемых предметов. Непонятливых и ленивых направляли в полки для обучения «рукодельной науке»: слесарной, столярной, сапожной и т.д. Омская школа имела усиленный курс обучения, поэтому в ней продолжали образование способные ученики из других гарнизонных школ для основательной подготовки не только в писари, но и в топографы и кондукторы. Ученики пользовались жалованьем из казны, обмундированием, питанием, учебными пособиями.
По окончании школы выпускников распределяли по полкам на должности писарей и урядников. Направляли также в качестве учителей в организованные с 1769 года станичные школы, инженерную команду к составлению чертежей, планов, к межеванию земель для переселенцев из России и т.д. По указу от 21 сентября 1732 года в гарнизонной школе разрешалось обучать и детей из посадского сословия.
Согласно указу от 23 декабря 1798 года при гарнизонной школе было открыто военно-сиротское отделение. К нему с 1804 года присоединили и «Азиатское училище». Появление гарнизонных школ, безусловно, оказало большое влияние не только на образование молодых людей, но и на культурную жизнь населения.