Стефан Яковлевич Знаменский родился 2 августа 1804 в семье священника в Железно-Томском заводе Барнаульского округа Томской губернии (ныне село Томское Кемеровской области). Принадлежность к духовному сословию предопределила его будущую судьбу. В 1824 году Знаменский окончил Тобольскую духовную семинарию и начал службу при Барнаульском Петропавловском храме. В 1836 году Стефан Яковлевич был направлен в Тобольск, а через три года в Ялуторовск. Будучи человеком сострадательным к чужому горю здесь он близко сошелся с жившими на поселении декабристами и постоянно им помогал – передавал письма, выполнял личные просьбы. Кроме того, он активно включился в просветительскую деятельность декабристов, содействуя в организации бесплатных ланкастерских школ. В Ялуторовске при его участии были открыты мужская, а затем и женская школы, которые пользовались большой популярностью среди всех сословий.

В 1853 году по ходатайству генерал-губернатора Западной Сибири Г. Х. Гасфорда протоиерей Знаменский был переведен из Ялуторовска в Омск. 23 года он был настоятелем Воскресенского собора, который за это время стал своеобразным духовным центром Омска. Стараниями и заботами отца Стефана при храме была собрана, систематизирована и описана одна из лучших в Сибири духовных библиотек (к 1856 году включала в себя 316 наименований, в 1900-е годы — уже 1875 книг).

Помимо своих прямых пастырских обязанностей он вел активную общественную деятельность и входил в различные комитеты, присутствия, правления. В 1854 году отец Стефан открыл первую в Омске ланкастерскую школу для девочек, которая позднее была преобразована в первую женскую гимназию Омска.

Судьба свела отца Стефана со ставшими впоследствии выдающимися людьми нашего Отечества. 18 марта 1856 года он крестил будущего гениального русского художника М. А. Врубеля. С. Я. Знаменский поддерживал общение и оказывал всевозможную помощь находившемуся на каторге с Ф. М. Достоевскому. Обнаружив сходство своих и отца Стефана религиозно-философских взглядов, Ф. М. Достоевский вывел его в образе старца Тихона в романе «Бесы». Даже внешне писатель сделал своего героя очень похожим на отца Стефана.

По словам современников, С. Я. Знаменский вел строгую, а в последние 25 лет подвижническую жизнь. Имея шестерых детей, жил в добровольной нужде. Никогда не имел своего дома, всегда жил в казенных помещениях. Не носил богатой одежды, знаки отличия надевал крайне редко. Всю жизнь не употреблял вина и очень редко чай и кофе. Посты проводил в строжайшем воздержании, часто довольствуясь ломтем черного хлеба и двумя картофелинами.

Своим благочестием, исполнительностью, открытостью он снискал себе любовь и уважение омичей. Неслучайно в праздновании полувекового юбилея служения отца Стефана в священническом сане 15 сентября 1874 года приняло участие все городское общество. К юбилею отца протоиерея был изготовлен и поднесен золотой, с драгоценными камнями и цепью наперсный крест, а также вручен 5%-ный банковский билет в 500 рублей.

За усердное служение церкви и обществу отец Стефан был награжден особыми элементами литургического облачения, несущими духовное значение, а также орденом Святой Анны III степени, двумя орденами Святой Анны II степени и орденом Святого Владимира IV степени.

Стефан Знаменский почитался в народе святым, как при жизни, так и после смерти. Он скончался 2 апреля 1877 года и был погребен на городском Шепелевском кладбище. Первоначально на могиле стоял простой металлический крест, а к началу прошлого века усердием верующих был сооружен памятник в виде часовни. В 1984 году Стефан Знаменский был канонизирован Русской Православной Церковью как подвижник благочестия и местночтимый Святой.

Память праведного празднуется ежегодно 30 июня (местно) и 10 июня — в Соборе Сибирских святых (даты по юлианскому календарю). На иконе Собора Сибирских святых изображение праведного Стефана помещено в третьем ряду справа.