Япония разорвала дипломатический отношения с Россией 6 февраля 1904 года и через два дня уже начала военные действия, хотя официальное объявление войны состоялось  только 10 февраля. В ходе мобилизации первыми были призваны все казаки Сибири от 20 до 38 лет. Быстро были сформированы 4 (Омский), 5, 7, 8 полки, образовавшие далее прославившуюся в боях Сибирскую дивизию. Первым ее командиром стал генерал-лейтенант Николай Алексеевич Симонов, позднее дивизию возглавил генерал А.В. Самсонов. В 4-й Сибирский корпус генерала Зубарева кроме 2-й и 3-й Сибирской пехотной дивизии, 8-го Томского и 11-го Семипалатинского полков, 1-й и 2-й бригады, вошли и части созданные на берегах Иртыша: 10-й Сибирский пехотный полк, запасной батальон, 4 омских пеших батареи.

Сибирские казаки прославили себя в Манджурии, под Кайджоу и Мукденом. Одним из образцов воинской доблести, заставившей говорить о них весь мир, стал бой сотни 8-го Сибирского казачьего полка с японскими драгунами, состоявшийся 17 мая 1904 года близ маленькой железнодорожной станции Ва-фангоу. За четыре минуты боя эскадрон японцев в 150 сабель перестал существовать. Среди отличившихся в бою русских воинов были омичи: урядники И. Пахотин, С. Войнов и С. Мангазеев, приказные С. Темирев и И. Замотаев, казаки И. Лиханов и М. Железников. После этого японское командование запретило впредь своей коннице вступать в открытые схватки с вооруженными пиками казаками и до конца войны японская кавалерия при виде казаков скрывалась за спинами своей пехоты.  

Участвовали в русско-японской войне и выпускники Сибирского (Омского) кадетского корпуса, десять из которых стали георгиевскими кавалерами. После четырехчасового боя вырвался из окружения под Мукденом подполковник генерального штаба Л. Г. Корнилов, а подпоручик Восточно-сибирского стрелкового полка князь Н. Гантимуров участвовал в отражении штурмов Порт-Артура и осуществил ряд дерзких вылазок в тыл врага. Д. М. Карбышев во время войны в составе 1-го Восточно-Сибирского сапёрного батальона укреплял позиции, устанавливал средства связи, наводил мосты, вёл разведку боем. Совершил подвиг в сражении под Мукденом. Первую боевую награду – орден Святого Владимира IV степени с мечами и бантами получил за бой у Вафангоу. Командуя кабельным отделением 4 телеграфной роты 1 Восточно-Сибирского сапёрного батальона, он вывел из окружения 60 военнослужащих с техникой и оружием. Войну Д. М. Карбышев закончил c 5 боевыми орденами и 3 медалями. Военный историк Г.Е. Катанаев писал: «Быть может, если бы все наши войска и их ближайшие начальники до командиров корпусов включительно вели себя столь же доблестно, как и сибирские войска за всю японскую войну, результат последней не был бы столь печален».

Морские сражения той войны прославили имена наших земляков – георгиевских кавалеров: матросов-кочегаров Ф. Е. Михайлова (крейсер «Варяг»), С. М. Баженова (корабль «Кореец»), Т. В. Семаренко (минный транспорт «Амур»), матросов М. А. Сумского (крейсер «Баян») и Н. Л. Орлянского (крейсер «Боярин»).

Несмотря на поражение России в этой войне омичи помнили и чтили своих героев. Для Никольского казачьего собора было заказано 44 поименных мемориальных доски с именами павших сибирских казаков, а сборы от построенной в 1907 году Серафимо-Алексиевской часовни передавались в семьи погибших воинов. Ныне в городе о русско-японской войне напоминает мраморная плита на стенах этой часовни и мемориальная доска на территории Омского кадетского корпуса, посвященная Л. Г. Корнилову. Остается надеяться, что воинская слава столь давно минувших дней найдет свое достойное отражение в будущем.